重庆市依山而建、因水而兴，水运一直是口岸物流发展的传统优势。近年来，重庆市深入贯彻落实习近平总书记关于建设内陆国际物流枢纽和口岸高地的重要指示，充分发挥长江黄金水道低物流成本优势，多措并举挖掘水路运输通行潜力，依托加密沪渝直达快线开行频次，实施集装箱船舶舱位共享试点，着力破解长江水运发展瓶颈问题，进一步降低企业物流成本。2020年，重庆市社会物流总费用3618亿元，与GDP的比率为14.5%，低于全国平均水平0.2个百分点。
开行沪渝直达快线锁定运输时效
　　2019年以来，重庆联合上海并整合各方资源创新开行沪渝直达快线，通过港口限时作业、江船中途不停、互换舱位和三峡船闸快速安检、定时过闸等方式，将外贸运输时间控制在下水10天、上水12天左右。同时，配合沪渝直达快线的开行，在重庆国际贸易“单一窗口”配套建设水运口岸营商环境优化系统，开发了智能换舱、预约查验以及“抵港直装”“船边直提”等多项功能，与海关、三峡通航局、港口系统对接交互，为进出口企业提供“通关+物流”全链条服务。
优化通关流程缩短转关时间
　　协调沪渝两地海关，并争取海关总署支持，对“上海—重庆”江海联运转关货物的办理手续进行调整，由之前多个程序之间互为前置条件的“串联作业”优化为并行办理的“并联作业”，实行“离港确认”模式，允许重庆货物在上海提前转关申报，通过关务信息流和货物流的双向简化，单票货物江船改配减少70%、滞报金减少90%，尤其是转关手续办理时间减少约48小时，极大地提高了重庆转关货物在上海港的等待时间。
优化过闸流程缩短待闸时间
　　协调长江航务管理局、三峡通航管理局支持，直接对接三峡通航管理局的信息系统，实时交互船舶装载货物清单、装船积载图、危险品携带、船舶航行状况等信息，实现“沪渝直达快线”定时安检、定时过闸，当日安检、当日过闸，按照“定时过闸”时间倒推，指导港口装船和发航时间，指导公司开行好快线船舶。